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Série chronologique du programme de saumon juvénile de l'Institut Hakai
Hakai Institute / Hakai Institut
Johnson, Brett; Gan, Julian; Godwin, Sean; Bachen, Krystal; van der Stap, Tim; Krkosek, Martin; Rogers, Luke A.; Portner, Lauren; Janusson, Carly; Hunt, Brian P. V.; Hakai Institute — 2017-05-11 The Hakai Institute Juvenile Salmon program is an ongoing initiative that was established in 2015 in partnership with the University of British Columbia, University of Toronto, Simon Fraser University and Salmon Coast Field Station. This program researches the early life history of juvenile salmon in coastal British Columbia. Primary research objectives are determining: 1) Migration timing rates and routes; 2) Migration habitat, including physical and chemical oceanographic conditions, and availability of plankton prey; 3) The impacts of prey phenology, quantity and quality on juvenile salmon growth and condition; 4) Species and stock-specific feeding biology and competitive interactions; 5) Pathogen and parasite infection dynamics; and 6) Mortality estimates. The program targets Fraser River sockeye, and pink and chum salmon, but additionally provides information on coho, chinook, and herring through incidental capture. The field program operates between May and July during the peak of the juvenile sockeye outward migration. Purse seine and oceanographic sampling are conducted in the northern Strait of Georgia / Discovery Islands region (~ 220 km from the Fraser River mouth) and the Johnstone Strait / Queen Charlotte Strait region (~ 180 km from the northern Strait of Georgia. As such, this program informs early life history across two critical legs of the Fraser salmon northward migration. Data packages are updated annually. Versioned datasets are available through the links below. This data package is freely available to everyone, following the principles of equitable access and benefit sharing. However, we expect all data users to give attribution to the data providers (read our data license) and the use of these data should happen in the light of fair use, i.e.: 1) respect the data providers, and provide helpful feedback on data quality, and 2) communicate and/or collaborate with the providers if you are considering using this dataset for manuscripts or other forms of reporting. Le programme sur le saumon juvénile du Hakai Institute est une initiative permanente qui a été créée en 2015 en partenariat avec l'Université de la Colombie-Britannique, l'Université de Toronto, l'Université Simon Fraser et la station de terrain de Salmon Coast. Ce programme étudie le début du cycle biologique des saumons juvéniles sur la côte de la Colombie-Britannique. Les principaux objectifs de recherche sont de déterminer : 1) Délais et itinéraires de migration ; 2) L'habitat de migration, y compris les conditions océanographiques physiques et chimiques et la disponibilité de proies planctoniques ; 3) Les impacts de la phénologie, de la quantité et de la qualité des proies sur la croissance et la condition des saumons juvéniles ; 4) Biologie alimentaire et interactions compétitives spécifiques aux espèces et aux stocks ; 5) Dynamique des infections par les agents pathogènes et les parasites ; et 6) Estimations de la mortalité. Le programme cible le saumon rouge du fleuve Fraser, le saumon rose et le saumon kéta, mais fournit également des informations sur le coho, le quinnat et le hareng grâce à des captures fortuites. Le programme sur le terrain se déroule entre mai et juillet, au plus fort de la migration vers l'extérieur des saumons rouges juvéniles. Des échantillonnages océanographiques et à la senne coulissante sont effectués dans la région nord du détroit de Géorgie et des îles Discovery (à environ 220 km de l'embouchure du fleuve Fraser) et dans la région du détroit de Johnstone et du détroit de la Reine-Charlotte (à environ 180 km du nord du détroit de Géorgie). À ce titre, ce programme éclaire le début du cycle biologique de deux étapes critiques de la migration du saumon du Fraser vers le nord. Les packages de données sont mis à jour chaque année. Les ensembles de données versionnés sont disponibles via les liens ci-dessous. Cet ensemble de données est librement accessible à tous, conformément aux principes d'accès équitable et de partage des avantages. Cependant, nous attendons de tous les utilisateurs de données qu'ils attribuent leurs fournisseurs de données (lisez notre licence de données) et que l'utilisation de ces données doit se faire dans le cadre d'une utilisation équitable, c'est-à-dire : 1) respecter les fournisseurs de données et fournir des commentaires utiles sur la qualité des données, et 2) communiquer et/ou collaborer avec les fournisseurs si vous envisagez d'utiliser cet ensemble de données pour des manuscrits ou d'autres formes de rapports. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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Identification génétique des stocks de saumons rouges juvéniles capturés dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone, en Colombie-Britannique, au Canada, de 2015 à 2021
Hakai Institute / Hakai Institut
Johnson, Brett; van der Stap, Tim; Bachen, Krystal; Rondeau, Eric; Beacham, Terry; Latham, Steve; Hunt, Brian; Hakai Institute — 2023-01-17 This datasets contains genetic stock identifications for juvenile sockeye salmon collected by the Hakai Institute Juvenile Salmon Program between 2015 and 2021. This information tells us the probability that each specific fish originates from a specific watershed. The stock ID was done at the Department of Fisheries and Oceans Pacific Biological Station in Nanaimo BC using the coastwide040118.bse baseline that is comprised of 214 distinct populations. Ces ensembles de données contiennent des identifications génétiques de stocks de saumons rouges juvéniles collectées par le Hakai Institute Juvenile Salmon Program entre 2015 et 2021. Ces informations nous indiquent la probabilité que chaque poisson soit originaire d'un bassin versant spécifique. L'identification du stock a été effectuée à la station biologique du Pacifique du ministère des Pêches et des Océans à Nanaimo, en Colombie-Britannique, en utilisant la base de référence coastwide040118.bse, qui comprend 214 populations distinctes.
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Data for: Dynamic coastal pelagic habitat drives rapid changes in growth and condition of juvenile sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) during early marine migration
Dryad
Garzke, Jessica; Forester, Ian; Godwin, Sean; Johnson, Brett; Krkosek, Martin; Mahara, Natalie; Pakhomov, Evgeny; Rogers, Luke — 2022-11-09 <p>Migrating marine taxa encounter diverse habitats that differ environmentally and in foraging conditions over a range of spatial scales. We examined body (RNA/DNA, length-weight residuals) and nutritional (fatty acid composition) condition of juvenile sockeye salmon (<em>Oncorhynchus</em> nerka) in British Columbia while migrating through oceanographically variable waters. Fish were sampled in the stratified northern Strait of Georgia (NSoG); the highly mixed Johnstone Strait (JS); and the transitional zone of Queen Charlotte Strait (QCS). In 2015, body and nutritional condition were high in the NSoG but rapidly declined to reach the lowest levels in JS where prey availability was low, before showing signs of compensatory growth in QCS. In 2016, juvenile salmon had a significantly lower condition in the NSoG than in 2015, although zooplankton biomass was similar, condition remained low in JS, and no compensatory growth was observed in QCS. We provide evidence that differences in juvenile salmon condition between the two years were due to changes in the food quality available to juvenile fish. We propose that existing hypotheses about fish survival need to be extended to incorporate food quality in addition to quantity to understand changes in fish condition and survival between years.</p>
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Observations de la migration du saumon juvénile dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone en Colombie-Britannique, Canada en 2018
Hakai Institute / Hakai Institut
Johnson, Brett; Gan, Julian; Godwin, Sean; Krkosek, Martin; Hunt, Brian — 2019-12-05 The Hakai Institute Juvenile Salmon Program has been monitoring juvenile salmon migrations in the Discovery Islands and Johnstone Strait since 2015 with the specific purpose to understand how ocean conditions experienced by juvenile salmon during their early marine migration impacts their growth, health and ultimately survival. We found that during the two of the warmest years of sea-surface temperature recorded in British Columbia waters, juvenile sockeye, pink, and chum left the Strait of Georgia one to two weeks earlier than previously. The temporal distribution of sockeye migration timing out of the Strait of Georgia north through the Discovery Islands was skewed right, indicating that many sockeye migrate together in late May and abundance tails off late into June and July. Pink and chum migrations are more protracted, lasting from early May to late July. Our results indicate that juvenile sockeye exit the Strait of Georgia en masse, likely in response to ocean temperature and foraging conditions. This report summarizes migration timing, fish length and weight, sea-louse loads, purse seine catch composition, and ocean temperatures observed from the first four years of this research and monitoring program. Combining key variables from this research program with observations from freshwater and high-seas sampling will provide, for some stocks, a complete account of the conditions salmon experience during their migration from their natal river to the high seas. These measures will further our knowledge of what drives early marine mortality, and better our understanding of how salmon are adapting to climate change. Le programme du saumon juvénile de l'Institut Hakai surveille les migrations de saumons juvéniles dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone depuis 2015 dans le but spécifique de comprendre comment les conditions océaniques vécues par les saumons juvéniles au cours de leur migration marine précoce influent sur leur croissance, leur santé et leur santé. finalement, la survie. Nous avons constaté que pendant les deux années les plus chaudes de température à la surface de la mer enregistrées dans les eaux de la Colombie-Britannique, le saumon rouge juvénile, le rose et le kéta ont quitté le détroit de Georgia une à deux semaines plus tôt qu'auparavant. La répartition temporelle de la migration du saumon rouge à partir du détroit de Georgia au nord par les îles Discovery était asymétrique, ce qui indique que de nombreux saumons rouges migrent ensemble à la fin du mois de mai et que l'abondance s'est éloignée fin juin et juillet. Les migrations roses et kénues sont plus longues, allant du début mai à la fin juillet. Nos résultats indiquent que le saumon rouge juvénile quitte massivement le détroit de Georgia, probablement en réponse à la température de l'océan et aux conditions de nourriture. Ce rapport résume le moment de la migration, la longueur et le poids du poisson, les charges de pou de mer, la composition des prises de senne coulissante et les températures océaniques observées depuis les quatre premières années de ce programme de recherche et de surveillance. La combinaison des variables clés de ce programme de recherche avec des observations d'échantillonnage en eau douce et en haute mer fournira, pour certains stocks, un compte rendu complet des conditions que connaissent le saumon pendant leur migration de leur rivière natale vers la haute mer. Ces mesures permettront d'approfondir nos connaissances sur ce qui motive la mortalité marine précoce et de mieux comprendre comment le saumon s'adapte au changement climatique. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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Infestation différentielle du saumon du Pacifique juvénile par le pou du poisson parasitaire en Colombie-Britannique, Canada
Hakai Institute / Hakai Institut
Brookson, Cole; Krkosek, Martin; Hunt, Brian; Johnson, Brett; Rogers, Luke; Godwin, Sean; Hakai Institute — 2020-09-04 Fraser River Pacific salmon have declined in recent decades possibly from parasitism by sea lice (Caligus clemensi and Lepeophtheirus salmonis). We describe the abundance of both louse species infesting co-migrating juvenile pink (Oncorhynchus gorbuscha), chum (O. keta), and sockeye (O. nerka) salmon over five years in the Discovery Islands and Johnstone Strait, British Columbia. The generalist louse, C. clemensi, was 5-, 7-, and 39-times more abundant than the salmonid specialist, L. salmonis, on pink , chum, and sockeye salmon, respectively. Caligus clemensi abundance was higher on pinks (0.45, 95% CI: 0.38-0.55) and sockeye (0.39 95% CI 32 0.33-0.47) than chum. L. salmonis abundance was highest on pinks (0.09, 95% CI = 0.06-0.15). Caligus clemensi had higher abundances in Johnstone Strait than the Discovery Islands. These results suggest differences in host specialization and transmission dynamics between louse species. Because both lice infest farmed salmon, but only C. clemensi infests Pacific herring (Clupea pallasii), conservation science and management regarding lice and Fraser River salmon should further consider C. clemensi and transmission from farmed salmon and wild herring. Le saumon du Pacifique du fleuve Fraser a diminué ces dernières décennies, probablement en raison du parasitisme du pou du poisson (Caligus clemensi et Lepeophtheirus salmonis). Nous décrivons l'abondance des deux espèces de pou infestant le saumon rose juvénile co-migrant (Oncorhynchus gorbuscha), le saumon kéta (O. keta) et le saumon rouge (O. nerka) pendant cinq ans dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone, en Colombie-Britannique. Le pou généraliste, C. clemensi, était 5, 7 et 39 fois plus abondant que le spécialiste des salmonidés, L. salmonis, sur le saumon rose, le saumon kéta et le saumon rouge, respectivement. L'abondance de Caligus clemensi était plus élevée chez les roses (0,45, IC à 95 % : 0,38-0,55) et le saumon rouge (0,39 IC à 95 % 32 0,33-0,47) que le kéna. L'abondance de L. salmonis était la plus élevée chez les roses (0,09, IC à 95 % = 0,06-0,15). Caligus clemensi avait une abondance plus élevée dans le détroit de Johnstone que dans les îles Discovery. Ces résultats suggèrent des différences dans la spécialisation des hôtes et la dynamique de transmission entre les espèces de pou. Étant donné que les deux poux infestent le saumon d'élevage, mais que seul C. clemensi infeste le hareng du Pacifique (Clupea pallasii), la science de la conservation et la gestion des poux et du saumon du fleuve Fraser devraient examiner davantage le C. clemensi et la transmission du saumon d'élevage et du hareng sauvage. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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Dynamique de migration du saumon juvénile dans les îles Discovery et le détroit de Johnstone ; 2015-2017
Hakai Institute / Hakai Institut
Johnson, Brett; Gan, Julian; Janusson, Carly; Hunt, Brian; Hakai Institute — 2018-02-27 In this report, we analyze migration dynamics of sockeye salmon in the Discovery Islands to Johnstone Strait region based on purse seine data collected by the Hakai Institute Juvenile Salmon Program from 2015–2017. The majority of out-migrating juvenile Fraser River salmon (Oncorhynchus spp.) pass northwest through the Strait of Georgia, the Discovery Islands, and Johnstone Strait. The Discovery Islands to Johnstone Strait leg of the migration is a region of poor survival for sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) relative to the Strait of Georgia. High-resolution spatiotemporal measurements of migration timing and abundance of juvenile sockeye salmon and the relative species composition of co-migrating juvenile salmon are needed to understand the factors influencing early marine survival through this region. The peak migration period in the Discovery Islands in which 50 % of sockeye passed through occurred between May 25 and June 4 and in Johnstone Strait between May 30 and June 12. Peak abundance was observed earlier than normal in 2015 and 2016, likely due to anomalously warm winter and spring weather. Sockeye migrated at 2.0 BL•s-1 between the Discovery Islands and Johnstone Strait based on the peak migration date in each region, faster than the 1.1 BL•s-1 observed in the Strait of Georgia. Sockeye abundance was much lower in 2017 compared to 2015 and 2016. Species composition was dominated by sockeye in 2015 and 2016, and by chum (Oncorhynchus keta) in 2017. Dans ce rapport, nous analysons la dynamique migratoire du saumon rouge dans les îles Discovery vers la région du détroit de Johnstone en se basant sur les données de la senne coulissante recueillies par le programme de saumon juvénile de l'Institut Hakai de 2015-2017. La majorité des saumons juvéniles sortant du fleuve Fraser (Oncorhynchus spp.) passent au nord-ouest par le détroit de Georgia, les îles Discovery et le détroit de Johnstone. La zone migratoire des îles Discovery Islands vers le détroit de Johnstone est une région où la survie du saumon rouge (Oncorhynchus nerka) est médiocre par rapport au détroit de Georgia. Des mesures spatio-temporelles à haute résolution du moment de la migration et de l'abondance du saumon rouge juvénile juvénile et de la composition relative des espèces de saumons juvéniles co-migrants sont nécessaires pour comprendre les facteurs qui influencent la survie précoce en mer dans cette région. La période de migration maximale dans les îles Discovery, au cours de laquelle 50 % du saumon rouge est passé entre le 25 mai et le 4 juin, et dans le détroit de Johnstone entre le 30 mai et le 12 juin. L'abondance maximale a été observée plus tôt que la normale en 2015 et 2016, probablement en raison d'un climat anormalement chaud en hiver et au printemps. Le saumon rouge a migré à 2,0 BL•s-1 entre les îles Discovery et le détroit de Johnstone en fonction de la date de migration maximale dans chaque région, plus rapidement que le 1,1 BL•s-1 observé dans le détroit de Georgia. L'abondance du saumon rouge a été beaucoup plus faible en 2017 par rapport à 2015 et 2016. La composition de l'espèce a été dominée par le saumon rouge en 2015 et 2016, et par le kéum (Oncorhynchus keta) en 2017. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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Données sur le profil de conductivité, de température et de profondeur (CTD) de la colonne d'eau issues du programme sur le saumon juvénile de l'Institut Hakai
Hakai Institute / Hakai Institut
Johnson, Brett; Barrette, Jessy; Gan, Julian; Bachen, Krystal; van der Stap, Tim; Hunt, Brian; Hakai Institute — 2023-08-28 Water column property data including temperature, depth, conductivity, salinity, dissolved oxygen, fluorescence, photosynthetically active radiation, and chlorophyll a were measure with an RBR CTD during salmon fishing operations between 2016 and 2023 in the Discovery Islands and Johnstone Strait, British Columbia. These data relate the physical and biogeochemical conditions migrating juvenile salmon experience in their early marine migration life cycle phase with their health and survival. Les données sur les propriétés de la colonne d'eau, notamment la température, la profondeur, la conductivité, la salinité, la fluorescence, le rayonnement photosynthétiquement actif et la chlorophylle a, ont été mesurées à l'aide d'un CTD RBR lors d'opérations de pêche au saumon entre 2016 et 2023 dans les îles Discovery et dans le détroit de Johnstone, en Colombie-Britannique. Ces données établissent un lien entre les conditions physiques et biogéochimiques auxquelles sont confrontés les saumons juvéniles migrateurs au début de leur cycle de vie en milieu marin et leur santé et leur survie.
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Ensemble de données pour l'article : « La chronologie de la migration influe sur l'écologie alimentaire des stocks de saumon rouge du fleuve Fraser dans les eaux côtières de la Colombie-Britannique, au Canada »
Hakai Institute / Hakai Institut
James, Samantha; Pakhomov, Evgeny; Johnson, Brett; Hunt, Brian — 2023-05-17 This data package contains zooplankton taxonomy and biomass data, and stomach contents from juvenile sockeye salmon migrating through the Discovery Islands and Johnstone Strait in 2015 and 2016. These data were collected to inform our understanding of early marine survival with special attention to inter and intra differences in zooplankton prey as it relates to the timing of juvenile sockeye salmon. These data are from the article 'Migration timing affects the foraging ecology of Fraser River sockeye salmon stocks in coastal waters of British Columbia, Canada' published in Marine Ecology Press Series. Ce dossier de données contient des données sur la taxonomie et la biomasse du zooplancton, ainsi que le contenu stomacal de saumons rouges juvéniles ayant migré par les îles Discovery et le détroit de Johnstone en 2015 et 2016. Ces données ont été recueillies afin de mieux comprendre la survie précoce en mer, en accordant une attention particulière aux différences inter et intra entre les proies du zooplancton en ce qui concerne le moment où les saumons sockeye juvéniles apparaissent. Ces données proviennent de l'article « Le calendrier de migration affecte l'écologie alimentaire des stocks de saumon rouge du fleuve Fraser dans les eaux côtières de la Colombie-Britannique, au Canada » publié dans Marine Ecology Press Series.

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(auteur : Johnson, Brett)

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